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　食物酵素は熱に弱い物質です。酵素サプリメントのインターネットでは、食物酵素は42～48度で活性を失うと記載されているケースが多く見受けられます。ですが、南国のフルーツに含まれる食物酵素の多くは、もう少し高い温度でも酵素活性を失いません。キウイの場合においても、40℃から60℃の間でも酵素は活性します。しかし果実の表面には大腸菌などの有害菌が付着しているため、細心の注意が必要です。 酵素ジュースなど液体になっているもののほとんどは、85℃の滅菌を行い販売するよう食品衛生法で定められています。そのため、現在流通している多くの液体酵素サプリメントに含まれる酵素は変質し、失活しています。また、低温で保存しても酵素のはたらきは弱まりますので、冷凍させて行う製造方法は酵素を変質させ、失活させています。

　　すべての食物は胃酸（PH1.5～3）によって体内に悪影響をあたえるような有害物質を死滅させます。これは、人間だけでなく動物が長年かけて得た生命のメカニズムです。食物酵素も胃酸による安全性のチェックを受け、その多くは死活します。 　胃酸の影響を受けないように、植物性の腸溶解カプセルに封じ込んで酵素や乳酸菌を体内に採り込むというタイプのサプリメントがあります。腸溶解カプセルによって腸まで届くサプリというのは、カプセルが植物性で体に安全だったとしても、本来胃酸に晒して、体内で安全かどうかのテストを受けずに侵略してくるのと同じことと言えます。ですので、消化管に問題のある人が医薬品としてカプセル錠剤を摂取するのは良いかもしれませんが、そうでない場合に日常的に摂取すると腸内細菌叢を弱体化させることにつながりかねません。 また、消化を助けるために酵素を摂取するというのであれば、胃腸薬は飲めば、体内の潜在酵素を節約することになる？わざわざ高価な酵素サプリよりも市販の胃腸薬を飲めば健康になる？といった疑問も生じてきますよね。

　食物酵素を食べると、酵素がお腹のなかで、体内酵素と一緒になって働くとイメージしがちですが、その酵素が体の中で「分解酵素」として役に立つということは稀です。というのも、パパイン酵素もタンパク質の一種ですので、かりに腸に到達したとしても体内の分解酵素によって消化されてしまいます。

　酵素は分子が大きいため腸から吸収されることはまずありません。また、体内では異種タンパクとしてみなされるので、仮に腸を通過して血中に出たとしても、免疫反応によって排除されてしまいます。食品酵素は生体反応の前になすすべを失います。